iOS 10.3 beta では、自動で APFS になるそうですよ。マイナーアップデートでのテスト、かつ切り離してテストされていないということは、よほど大きな問題が生じない限りはそのまま適用されるんでしょう。
動作が速くなると言う話もあります。現在のストレージに最適化されているので高速化は期待できますが、もしかしたら、一旦構造が整理されるからという要素もあるのかもしれません。
そう考えると、使う内に少しは遅くなっていくのかもしれない…。遅くなり方や、終速は改善されているでしょうけど！
しかしアップデートでこける事例は増えそうですね。くれぐれも事前のバックアップを忘れずに…。